天山雪莲菌自制酸奶可能会导致的危害一般是：制作过程中的卫生处理不到位。在操作得当的情况下，理论上用天山雪莲菌自制酸奶是不会有什么危害的，不过一般家庭通常不具备卫生安全达标的操作环境。
用天山雪莲菌自制酸奶时，如果没有经过专业性的消毒技术处理，那么发酵的牛奶里可能会存在大量的有害细菌，食用后可能会造成人体不适。
天山雪莲菌的一些其他食用方法，建议天山雪莲菌可以煲汤食用，煲汤食用可以更好的留住营养，经过高温烹煮的雪莲菌也比较安全卫生。
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